玩家可以捕捉到多种稀有且强大的神兽，包括急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦、雷公、炎帝、水君、洛奇亚、迪奥西斯等。这些神兽分布在游戏的不同区域，部分需要完成特定条件才能触发出现。捕捉神兽需要提前准备合适的精灵球、状态异常道具以及克制属性的宝可梦队伍，以提高成功率。
急冻鸟位于双子岛最深处，玩家需携带会冲浪的宝可梦抵达岛屿，并按特定顺序推石头堵住瀑布后才能进入其栖息地。闪电鸟出现在无人发电厂深处，而火焰鸟则固定在火焰山山顶，两者均需击败四大天王后才会现身。超梦作为超能力系神兽，隐藏于超梦山洞最底层，等级高达70级，建议使用恶系宝可梦对抗。雷公、炎帝和水君属于随机遭遇神兽，需在通关后于关东地区的草丛中探索，出现概率较低但等级均为50级。
洛奇亚和凤凰分别位于第八座彩虹岛的右下方和左上方，等级高达70级，需携带岩石系或水系宝可梦应对。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级为30级。冰神柱、岩神柱和钢神柱分别分布于双子岛、岛1上方草地及无人发电厂，需注意它们的防御特性。古拉顿则藏身于1号岛火焰山地下，需使用高级精灵球捕捉。
部分神兽如梦幻、雪拉比和吉拉奇需要通过特殊事件或道具触发。梦幻出现在红莲岛的隐藏楼层，需获得秘密钥匙；雪拉比位于3号岛左侧森林；吉拉奇则栖息于幽灵塔顶楼。这些神兽的捕捉条件较为复杂，建议提前查阅详细攻略以节省时间。
火红版的神兽系统设计丰富且具有挑战性，玩家需结合地图探索、属性克制和道具使用才能高效完成收集。建议在捕捉前存档，并合理分配大师球等稀有资源。神兽的加入不仅能提升队伍实力，也为游戏后期增添了更多可玩性。
